La Corte Suprema confirmó la sentencia dictada por la Corte de Apelaciones de Puerto Montt que acogió el recurso de protección impetrado por la contribuyente en contra del Servicio de Impuestos Internos por la infracción a lo dispuesto en el artículo 19 N° 3 de la Constitución Política de la República que garantiza el derecho al debido proceso. El fallo recurrido había ordenado dejar sin efecto la Resolución impugnada, inhibirse de seguir conociendo del proceso de invalidación de la Resolución que dejó sin efecto el doble enrolamiento de superficies de su propiedad, mientras se sustanciara el reclamo por vulneración de derechos deducido ante el Tribunal Tributario y Aduanero de esa ciudad, e invalidar todas las actuaciones realizadas en dicho proceso administrativo con posterioridad a la interposición del mencionado reclamo. ​ ​ La recurrente en su acción de protección estimó como ilegal y arbitraria la Resolución emitida por el Órgano Fiscalizador, mediante la cual manifestó su negativa a inhibirse administrativamente del procedimiento invalidatorio del Acto a través del cual dejó sin efecto el segundo enrolamiento de los inmuebles, pese a existir un reclamo por vulneración de derechos interpuesto por la contribuyente ante el tribunal Tributario y Aduanero de Los Lagos.

La actora señaló que ello contravenía lo dispuesto en el artículo 54 inciso 3° de la Ley N° 19.880, que establecía la regla de la inhibición administrativa, disponiendo la incompatibilidad entre las vías de impugnación administrativa y jurisdiccional. ​ ​ El Servicio de Impuestos Internos alegó que no existía una duplicidad en el registro predial de los inmuebles en cuestión puesto que dichos lotes, por un error del Ente Fiscalizador, no fueron catastrados, de manera que no se registraron en roles independientes, ni dentro de los cuales la reclamante señalaba que se encontraban incorporados, lo que significaba que nunca habían sido objeto del pago de contribuciones. ​ ​ En cuanto a la invalidación de la Resolución que otorgaba derechos a la recurrente dejando sin efecto el supuesto doble enrolamiento, el Servicio manifestó que ello se debió a que, a raíz de una petición de la contribuyente, se revisaron nuevos antecedentes y se constató la existencia de errores o vicios manifiestos en la misma, por lo que se procedió a anular de oficio dicho Acto. Agregó, que se debía llevar adelante el proceso de invalidación de dicha Resolución, respecto de lo cual existía cosa juzgada, y que no correspondía suspender el procedimiento administrativo ni inhibirse de su conocimiento, ya que el Tribunal Tributario y Aduanero, al conocer del reclamo por vulneración de derechos rechazó la orden de no innovar solicitada en relación con el proceso invalidatorio , de manera que no existían derechos indubitados en discusión que ameritasen la suspensión de este. Asimismo, el Ente Fiscal señaló que no hubo vulneración de la garantía del debido proceso, la cual no se encontraba amparada por la acción de protección, habiéndose respetado cada una de las etapas procesales y plazos previstos en la ley, para que el actor pudiese ser oído y hacer valer sus alegaciones. Precisó, que la inhibición se aplicaba cuando se hubiese interpuesto reclamación y existiese un procedimiento administrativo sobre la misma pretensión, lo que no los hechos no ocurrió atendido que los actos impugnados en cada caso, a su juicio, eran distintos. ​ ​ La Corte de Apelaciones resolvió el recurso impetrado y estimó, que aparecía de manifiesto que el recurrido, dado su carácter público, debía cumplir, sin posibilidad de excusa alguna, la preceptiva legal que rige a los organismos del Estado, y en ese sentido el artículo antes citado contenía una norma de carácter imperativo, por lo que su observancia le resultaba obligatoria al Servicio. ​ ​ La Magistratura sostuvo que se acreditó la existencia de una acción jurisdiccional deducida respecto del procedimiento de invalidación del Acto Administrativo que dejó sin efecto el doble enrolamiento, circunstancia que obstaba su conocimiento y resolución, por lo que no resultaba ajustado a derecho que se hubiese dictado Resolución alguna y se efectuaran actuaciones en relación a ella, estando en trámite el proceso judicial que tenía por objeto el mismo asunto, circunstancia que fue determinante para acoger el recurso sub lite. ​ ​ Respecto de dicho fallo, el Servicio de Impuestos Internos dedujo recurso de apelación, y la Corte Suprema al conocer de éste lo confirmó sin más.