La Corte Suprema confirmó la resolución de la Corte de Apelaciones de Santiago que declaró inadmisible el recurso de protección interpuesto por la contribuyente debido a que el Servicio rechazó la petición administrativa de la sociedad que buscaba eliminar la anotación N°4001 que perjudicaba su derecho de solicitar condonaciones. La contribuyente acusó la vulneración del artículo 19 N°s 2, 3 y 22 de la Constitución Política de la República producto de la inclusión, desde el año 2015 a la fecha, de la anotación N°4.001, bajo el argumento de haber interpuesto el Servicio una querella por delito tributario. Dicha anotación le habría impedido acceder a condonaciones en el pago de multas e intereses y a realizar convenios de pago con la Tesorería General de la República, hasta una vez finalizado el proceso y que un juez con competencia penal resolviera su causa. Señaló la recurrente que dicha querella nominativa se habría interpuesto en contra de una serie de personas naturales, entre ellos, el ex representante legal de la empresa quien resultó desvinculado de esta con anterioridad a la acción penal. Asimismo, arguyó que la acción no fue en contra de la recurrente, que era una persona jurídica sujeta de derechos y obligaciones distintas de sus accionistas y representantes legales.

En ese sentido, la Sociedad señaló que solicitó al Director de la Dirección de Grandes Contribuyentes alzar la anotación con fecha 22 de septiembre de 2015 bajo los fundamentos explicados anteriormente, sin embargo, se determinó el rechazo a la solicitud por estimarse que las condiciones que motivaron su registro se mantenían vigentes. ​ ​ En cuanto a las normas vulneradas, la recurrente, denunció infringidos el principio de legalidad, retroactividad y la presunción de inocencia establecidos en el numeral 3 del artículo 19 de la Constitución Política de la República. Lo anterior, toda vez que se registró una anotación respecto de una contribuyente que no poseía ningún proceso penal existente en su contra. Además, alegó que se impuso una pena, que no se encontraba establecida por la ley a la época de ocurrencia de los hechos, sin que existiera un proceso penal contra la Sociedad. ​ ​ Finalmente, la contribuyente acusó vulnerados los artículos 19 N°s 2 y 22 de la Carta Fundamental, por cuanto la limitación para obtener beneficios como condonación de multas e intereses y convenios de pago con Tesorería General de la República, establecida a propósito de la anotación 4001, impuesta por el Órgano de Control, infringía el núcleo esencial del precepto constitucional mencionado, en tanto, instauraba injustificada y arbitrariamente una discriminación respecto de la sociedad. ​ ​ Por su parte, el Máximo Tribunal hizo suyos los argumentos de la Corte de Apelaciones de Santiago quien manifestó que el recurso de protección tenía por objeto restablecer el imperio del derecho cuando éste ha sido quebrantado por actos u omisiones arbitrarias o ilegales que amenazan, perturban o privan del ejercicio legítimo de alguna de las garantías taxativamente numeradas en el artículo 20 de la Constitución Política de la República, dejando a salvo las demás acciones legales. ​ ​ Finalmente, la Corte Suprema confirmó lo resuelto por los Jueces recurridos en cuanto a que los hechos descritos en la presentación y las peticiones que se formularon excedían las materias que debían ser conocidas por el recurso atendida su naturaleza cautelar, por lo que no fue admitido a tramitación declarándolo inadmisible.